國史館典藏之「國民政府檔案」係總統府於民國50年8月至85年12月，分5批次移轉進館。前4批移轉之檔案中有關抗戰勝利以後的檔案，因當時內外情勢，被視為事涉敏感或以時代距離太近為由，而在數次移轉過程中被總統府抽存，其後因總統府組織法修訂，加上時空環境改變，總統府重新審視這批檔案，認為純屬歷史檔案，理應開放提供學者使用研究，於85年12月將最後一批檔案移轉到館典藏。

國史館將本批檔案分類整理，共計分為總類、主計、人事、行政、內政、外交、國防、財政、教育、司法、經濟、交通、衛生、新聞、其他共15大類，編成7,086卷，建置7,086筆目錄資料及掃描1,134,746頁影像圖檔。檔案內容涵蓋國民政府時期所經歷的內憂外患及其推行重大建設的珍貴史料，期間自14年7月至38年6月，包括有關國家重大決策之制定與各項指令之頒布，皆有詳實紀錄，屬決策型的檔案，極具學術研究參考價值。