臺灣總督府檔案為至今60年至100餘年前，臺灣統治當局各個層面施政之原始史料。檔案總數13,146冊，約570餘萬頁。此部檔案前已由本館與中央研究院學術合作進行A3以下文件部分掃描數位化。計畫掃描標的為A3以上尺寸之附圖附表，圖表的內容包括土木工程圖、建築圖、地圖、礦區圖、地形圖等。

從檔案跨越的年代而言，大致可分為明治、大正、昭和三時期。皆係依據各年代總督府內文書課訂定的相關文書處理規則規定編輯而成。大體而言，明治、大正、昭和三時期中，以明治期卷冊最多，內容幾乎全是以毛筆在美濃紙上書寫。「臺灣總督府公文類纂」數量龐大，分門別類編纂成卷之門、類，因年度而有不同，必須還原各該年度原文書處理規則規定之門類，以便進行查閱。當時檔案歸檔編纂之時，所考慮者僅是業務上調閱參考所需，並不考慮後世研究、利用之便。讀者必須先瞭解各年度門類關係，而後才能瞭解檔案的內容與特質。另外，當時業務上調閱、參考價值較低的檔案，分屬五年或一年保存文書，幾已全部銷燬；昭和時期授權總督府內局、課長級決行文書由於分別保管，戰後不知所終。這也是今日讀者研究這批檔案普遍遭遇的限制。

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