國史館典藏之「外交部檔案」係外交部自民國64年起至93年間，分批移轉的大陸運臺舊檔及在臺已失時效之擬銷毀檔案，檔案年代起自清光緒19年（1893年）至民國87年。已完成初步整理計39,822卷，細部整編及數位掃描等作業持續進行中。

「外交部檔案」依外交部組織架構區分，分為：亞東太平洋司、亞西司、非洲司、歐洲司、北美司、中南美司、條約法律司、國際組織司、新聞文化司、禮賓司、總務司、經貿事務司、秘書處、檔案資訊處、電務處、人事處、會計處、研究設計委員會、亞東關係協會、北美事務協調委員會、領事事務局、駐外使領館等系列。

主要內容包括：政治、外交與國際事務、軍事、財經、文教、交通郵電、輿論與情報、僑務、社會團體與醫療救濟、國際共黨活動與中共動態、滿洲國與汪政權、戰犯與漢奸、處理日僑俘、劫物歸還、戰債賠償、日本戰後改制、綜合或其他。