本館與臺灣省政府合作之臺灣省政府檔案，為省府所屬各級機關（含歷次委員會議、省政會議，及其各廳、處、局、會、團等）留存之公文檔案。臺灣省政府成立於民國36(1947)年5月16日，由魏道明擔任首位省主席。其下設有四廳五處（財政廳、建設廳、教育廳、農林處後改為農林廳、秘書處、民政處、社會處、衛生處、會計處）。民國37(1948)年增設警務處、交通處、新聞處、糧食局、統計處後與會計處合併為主計處，以及人事處。

民國38(1949)年再依行政院會議決議，擴大省府組織，增設省府委員至23人，並先後成立住宅及都市發展局、地政處、兵役處、環境保護處、勞工處及政風處等單位。歷任省主席有魏道明、陳誠、吳國禎、俞鴻鈞、嚴家淦、周至柔、黃杰、陳大慶、謝東閔、林洋港、李登輝、邱創煥、連戰、宋楚瑜；民選省長則有宋楚瑜。 民國86(1997)年臺灣省政府在修憲下，改為中央的派出機關而為虛級化，故於民國87(1998)年首位民選首長任期屆滿後，正式進行精省（共計留有6廳19處6會）。因此，臺灣省級機關檔案的留存時間為臺灣省政府成立至精省前後約有52年之久，其數量約計317萬5千頁，目前檔案典藏於臺灣省政府檔案中心（原為秘書處檔案室，省府初期為秘書處第四股，時稱管卷股，統籌管理秘、民、財、教、建、農、交、警、社、主、人、新等12個單位檔案，其檔案管理沿革可參考臺灣省政府網站），現由本館與之合作進行臺灣省級機關檔案數位化。

民眾閱覽或複製檔案，請參閱國史館臺灣文獻館檔案閱覽複印須知(http://www.th.gov.tw/公告欄/政府資訊公開/行政規章)