2003年，台灣文化界耆老葉榮鐘先生之手稿、文書，及其生前收藏之日治至戰後70年代史料等文獻文物，由家屬代表捐贈予國立清華大學圖書館典藏。2004年起，經由林孝信先生等多位保釣人士奔走協助，本館陸續獲贈歐、美、港、台各地留學生保衛釣魚台運動及相關活動之刊物、手稿、文獻，遂奠定本館特色典藏之基礎。陸續獲贈之特色典藏包含：本校中文系楊儒賓與方聖平教授收藏多年、深具歷史及藝術價值的日治時期日人與台人書畫數位典藏（2008）及實體文物（2014）；抗戰時期於中國東北從事地下抗日運動，其後以《滾滾遼河》聞名的紀剛（本名趙岳山）先生之創作手稿、史料（2009）；參與保釣運動、積極投入鄉土文學改革的唐文標先生手稿文獻（2010）；中國大陸文革時期廣西地區輾轉流出的道教科儀影本，以及中南半島青銅器文物（2013）等。

　　本館於進行葉榮鐘典藏、釣運典藏工作之際，亦自2004年起開始系統性地徵集整理校史資料，尤以新竹清華建校初期史料為中心延伸，包含歷屆校長、校友及教職員、行政與教學單位，以及梅竹賽、校慶、畢業典禮等校園活動之文獻文物、照片、影像影音資料，並陸續進行校友及資深教授之口述歷史訪談，持續累積、充實校史文獻。2008年起，本館邀集校內一級單位共建校史大事紀，以即時保存更多元的校史資訊，有效整合本校各階段發展歷程之紀錄。