中央研究院臺灣史研究所為國內最重要的臺灣史研究機構，為支援學術研究，該所自田野調查研究室時期即致力於臺灣民間文書的採集。民國93年即設置古文書室任務編組，至民國98年底正式成立「檔案館」，系統性進行臺灣相關歷史檔案之蒐集、編藏、數位典藏與開放應用等檔案資源服務工作。

臺史所檔案館館藏，依檔案來源可區分為家族與民間文書、個人文書與集藏，以及機構團體檔案等三大類。檔案類型多元，包含契書、帳冊、書信、公文等文書資料，以及照片、明信片、地圖、寫真帖等圖像資料，時間涵蓋自清雍正年間至戰後時期。檔案整編工作係根據一手史料特質，順應數位典藏發展趨勢，及檔案資訊永續利用，建置「臺灣史檔案資源系統」，以統整所有檔案典藏，協助典藏管理、整編著錄與開放使用。

系統已開放檔案包含岸裡社潘家、張達京家族、金廣福等家族與民間文書；費邁克集藏、楊雲萍文書、陳澄波畫作與文書、吳新榮文書等個人文書與集藏；臺灣總督府專賣局檔案、臺灣總督府時期林業檔案、臺灣省行政長官公署時期林業檔案、臺灣省臨時省議會檔案、臺灣省參議會檔案等機構團體檔案。檔案目錄全面開放查詢，部分圖檔影像提供大眾於線上閱覽，更多更完整的檔案內容歡迎到館利用。