中央研究院臺灣史研究所為國內重要的臺灣史研究機構，自田野調查研究室時期即致力於臺灣民間文書的採集，並於民國98年底成立「檔案館」，系統性推動臺灣相關歷史檔案之蒐集、整編、數位典藏與開放應用等檔案資源服務工作。

檔案館館藏依來源分為三大類：個人文書與集藏、家族與民間文書，以及機構團體檔案。資料類型多元，包括日記、手稿、照片、畫作、土地契字、族譜、商業書信、公文、報告書等，時間涵蓋自清代至戰後，共計40多萬冊（件）、1千多萬頁數位影像檔。

檔案整編遵循國際檔案描述標準（ISAD(G)）與檔案描述編碼格式（EAD），保留檔案來源脈絡與結構資訊，並建立「臺灣史檔案資源系統」統整典藏與管理。

新版系統優化查詢與瀏覽功能，提供多條件進階檢索、並強化檔案階層顯示、資料切換與引用便利性，同時保留查詢歷史以利後續利用。典藏採分級開放，部分影像可線上閱覽，更多更完整的檔案內容歡迎到館利用。