國史館典藏機關及私人移轉、捐贈的檔案、史料及總統副總統文物。館藏中最著名者即是一般俗稱「大溪檔案」的蔣中正總統檔案，又如資源委員會、農業委員會等機關之檔案亦是見證社會經濟發展的重要文獻。館藏珍貴檔案中，〈日本國向同盟國投降書〉、〈中華民國接受日本國投降文件〉、《中華民國訓政時期約法》、《中華民國憲法》已依文化資產保存法指定為國寶，〈香港地區日軍向同盟國投降降書〉、〈孫文手繪民生主義圖〉則列為重要古物。

　　秉持開放政府的原則，本館建置的「國史館檔案史料文物查詢系統」（http://ahonline.drnh.gov.tw），提供線上查詢檔案史料文物目錄的服務，便利民眾應用館藏。使用者先由系統查詢所需的檔案文物後，根據查詢結果指引，可直接閱覽線上開放的檔案；或線上查調申請後，至本館臺北館區數位檔案閱覽室、新店館區原件檔案閱覽室應用。