國家人權博物館檔案史料資訊系統目前係以國家人權博物館典藏之「財團法人戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償基金會」（簡稱補償基金會）移交補償卷宗檔案為核心，計8,847筆詮釋資料，文件產生日期為民國88年至103年，內容包括補償申請、案情調查、案件審核、補償發放、行政救濟與其他等六大類文件。

補償基金會依87年6月總統令公布之《戒嚴時期不當叛亂暨匪諜審判案件補償條例》設立，專責辦理戒嚴時期政治案件受難者之補償、回復名譽等相關事宜，至103年9月解散。補償卷宗檔案有助於大眾對於政治事件及受難者的完整了解，並對政府推動政治受難者補償及轉型正義的相關歷程研究具有一定之重要性。

國家發展委員會檔案管理局114年1月7日函告，審定補償申請卷宗8,847案全數為政治檔案，檔案以全部開放為原則，並依政治檔案條例規定提供應用。使用人可利用系統查詢、閱覽、抄錄、下載及列印經分離處理後之檔案影像檔；檔案當事人或繼承人，可線上申請有其個人隱私之檔案影像檔，經本館審核通過後提供。